Épisode 01 : La descente

 
Invitées : Henry Ian Cusick (Desmond), Julie Bowen (Sarah), Masayo Ford (infirmière), Larry Wiss (anesthésiste), David Ely (interne), Ivana Michele Smith (N.D. Survivor), Anson Mount (Kevin)

Suite de la 44e nuit. Un homme se réveille dans un appartement doté d’équipements surannés (ordinateur avec écran en mode terminal, tourne disque pour vinyles). Il se fait une piqûre de médicament et est surpris par un coup sourd. Aussitôt il s’équipe pour défendre son appartement, qui est en fait au fond du tunnel dont Locke vient de faire sauter la trappe. En haut, Jack et Locke observent l’ouverture sous la trappe, c’est un puits de section carrée profond d’au moins 15 mètres, dans lequel descend le début d’une échelle. Constatant que l’échelle est brisée et ne permet pas d’atteindre le fond, ils doivent renoncer à utiliser la structure pour cacher le groupe. Ils se rendent compte que le mot quarantaine est écrit à l’intérieur de la trappe (ce qui voudrait dire qu’ils sont dans une zone contaminée).
Au camp des grottes, Shannon part dans la forêt chercher le chien, et a une vision de Walt trempé, dégoulinant, qui essaie de lui dire quelque chose.
Locke et Kate, qui ont vu le monstre clairement lors de l’attaque, s'accordent sur le fait qu'il s'agit d'un nuage noir.
Locke décide de descendre dans la structure malgré l’avis de Jack, Kate le rejoint, descend la première par une corde de fortune (une tresse de câbles de l’avion) que Locke retient, et se fait enlever dans un grand flash de lumière en fois arrivée en bas. Au camp, Jack s’inquiète pour Kate et retourne à la trappe, déserte, où il descend à son tour par la corde laissé par Locke. Il arrive en bas, suit le tunnel qui passe devant une masse magnétique (qui soulève la clé qu'il a autour du cou), et aboutit dans une salle remplie d’ordinateurs des années 1980 qui fonctionnent à plein, et il se fait surprendre par l'occupant (Desmond).

Épisode 02 : Seuls au monde

 
Invitées : Tamara Taylor (Susan Lloyd), Saul Rubinek (Custody Attorney), Henry Ian Cusick (Desmond), Jeannetta Amette (Calloway)

Suite de la 44e nuit. On apprend ce qui s’est passé à la fin de l’épisode précédent lorsque Locke s’est fait capturer par l’habitant de la structure. Sur le radeau, Michael et Sawyer ont survécu à l’attaque, mais se font attaquer par un requin. Sans Jin cela ne fait plus que 41 survivants. Dans la structure, l’Habitant attend quelqu’un (Are you him ?) ; un mur est couvert de marques d’un calendrier de Robinson. L’Habitant (il s’appelle Desmond) capture Jack à son tour ; Jack et lui s’étaient déjà rencontré auparavant. 45e jour. Les courants ramènent les restes du radeau sur l’île.

 
Commentaire : Locke dit à Desmond que l'avion s’est crashé 44 jours auparavant, et qu’ils sont 43 survivants (il ne sait pas que Walt et Jin ont disparu).
Lorsque Sawyer rejoint un autre morceau du radeau, on voit passer le requin pendant un quart de seconde. L'image sur pause révèle que le requin est « tagué » par le sigle du Projet Dharma.

 
Épisode 03 : 108 minutes

 
Invitées : Kimberley Joseph (Cindy), Francois Chau (Dr. Marvin Candle), Michael Lanzo (Waiter), Jeanne Rogers (Moderator), Roxanne Sarhangi (Francine), Katey Sagal (Helen)

Michael et Sawyer retrouvent Jin, vivant mais poursuivi (le compte passe à 42), et se font capturer par un groupe équipé d’armes de fortunes (le genre d’armes que les survivants auraient dû fabriquer depuis longtemps) et sont jetés au fond d’une fosse.
Dans la structure, Desmond est désarmé, mais une balle perdue casse un des ordinateurs. Desmond leur raconte qu’il était skipper solitaire lorsqu’il a fait naufrage sur l'île il y a trois ans : un certain Kelvin l'a poussé à se réfugier dans la structure où il faut actionner un dispositif pour sauver le monde. L'ordinateur étant cassé, ils ne peuvent plus pousser sur le bouton. Un petit film datant de la fin des années 1970 leur explique que c’est la station 3, une espèce de laboratoire expérimental en recherches diverses, monté par la fondation Dharma initiative, prévu pour fonctionner à deux personnes, et qu’en raison d’une condition particulière de sécurité liée à l'anomalie magnétique de l'île, il faut pousser le bouton toutes les 108 minutes (sinon, quelque-chose de terrible arrive). Lorsque Kelvin est mort, Desmond a pris la relève, et il attend d’être relevé à son tour.
Dans leur fosse, Michael, Sawyer et Jin sont rejoints par Ana-Lucia, qui a survécu au crash, puis, pendant tout ce temps, seule sur cette île, avant d'être attrapée par le groupe armé (le compte passe à 43 survivants). Kate sort de la station par la porte de devant et va chercher Sayid pour réparer l'ordinateur.

 
Commentaire : La date du film apparaît brièvement : 1980.

 
Épisode 04 : Le Mal Aimé

 
Invitées : Raj K. Bose (Pakistani shop clerk), DJ Qualls (Johnny), Billy Ray Gallion (Randy), Marguerite Moreau (Starla), Kimberley Joseph (Cindy), Lillian Hurst (Carmen)

45e jour. Les survivants ont décidé de se relayer pour taper le code. Ana-Lucia a menti, elle est du côté du groupe armé.
46e jour. Le groupe s’avère composé de survivants du vol 815 (23 personnes au départ); apparemment, ils étaient assis dans la queue de l’appareil; ils libèrent Michael, Jin et Sawyer et les emmènent dans leur repaire.
Sayid et Jack explorent la station, Kate y prend une douche.

 
Épisode 05 : Retrouvés

 
Invitées : Rain Chung (Mr. Kim), Kim Kim (Mrs. Shin), Josiah D. Lee (Tai Soo), Tomiko Okhee Lee (Mrs. Lee), Robert Dahey (Poor Man), Tony Lee (Jae Lee), Rain Chung (Mr. Kim), June Kyoko Lu (Mrs. Paik)

47e jour. Michael, Sawyer et Jin sont toujours prisonniers du groupe d'Ana-Lucia, dont il apparaît qu'il a été presque décimé (ils ne sont que plus que cinq). Le groupe les emmène chercher des poissons avant de partir à travers l'île rejoindre le groupe de Jack. Le petit groupe est constitué d'Eko, Bernard (le mari de Rose), Ana-Lucia et deux femmes. Michael s'enfuit dans la jungle à la recherche de Walt, Jin et Eko essaient de le rejoindre. Ils trouvent le cadavre d'un certain Goodwin qui faisait partie du petit groupe, tué par les « Autres », puis croisent un groupe d'adultes et d'enfants, possiblement prisonniers, dont Eko et Jin doivent se cacher.